У кошек могут быть различные проблемы со здоровьем, включая болезни различного характера, наличие паразитов, травмы и генетические расстройства. Среди болезней кошек выделяют инфекционные и внутренние неинфекционные, а также хирургические и акушерско-гинекологические болезни кошек. Отдельную группу составляют инвазионные (паразитарные) болезни кошек, к которым относятся различные гельминтозы кошек. По данным специалистов, в частности Колледжа ветеринарной медицины Корнельского университета, кишечные паразиты являются общей проблемой здоровья у кошек, 45 % кошек, как правило, заражены гельминтами, такими как Ollanulus tricuspis, Physaloptera, Ancylostoma и Uncinaria, а также паразитическими простейшими — Giardia (лямблии), Isospora (кокцидий). Круглые черви Toxascaris leonina и Toxocara cati по оценкам специалистов имеют распространенность от 25 % до 75 %, а зачастую и выше, у котят. Некоторые виды ленточных червей, которые заражают кошек, могут вызывать заболевания и у людей, если не соблюдается гигиена.

К наиболее распространённым заболеваниям кошек относят: калицивироз, микроспорию, панлейкопению, ринотрахеит, сахарный диабет, токсоплазмоз и кошачий хламидиоз. Одним из наиболее опасных заболеваний у кошек, которым может инфицироваться и человек является токсоплазмоз. «Профилактика токсоплазмоза затруднена, так как меры, обеспечивающие предотвращение заражения кошек и человека, сложно применимы на практике. Животные, которые охотятся на мышей или получают в рационе сырое мясо (25 % продаваемого мяса заражено токсоплазмозом), наверняка окажутся инфицированными».

Кошки, как и многие другие млекопитающие, могут болеть бешенством, а также инфицировать им человека. Кошке заболевание передается через укус больного животного (например, лисы). Инкубационный период длится от 2 до 24 недель, но в большинстве случаев симптомы появляются на 4-6 неделе, животное погибает на 3-4 день их проявления.

Профилактическая вакцинация способна снизить риск заболевания бешенством и другими инфекционными заболеваниями кошек. Однако, в последнее время специалисты пришли к выводу, что проблема вакцинации кошек нуждается в дальнейших исследованиях. С одной стороны, профилактическая вакцинация кошек может предотвратить многие из инфекционных болезней, а также предотвратит заражение опасными инфекциями владельца животного и членов его семьи. С другой стороны, было установлено, что в некоторых случаях вакцинация, особенно вакцинами против вируса лейкемии кошек и вируса бешенства, провоцирует заболевание кошек саркомой, в связи с чем предлагается снизить до минимума вакцинацию кошек.